Действие аниме "Королева Эмеральда" разворачивается в далёком будущем, когда человечество освоило просторы Вселенной, и межгалактические путешествия стали обыденностью. Главный герой, Хироси Умино, амбициозный молодой человек, мечтает о собственном космическом корабле, чтобы исследовать бескрайние галактики. Он отправляется на планету Дайбаран, где, по слухам, его кумир Тотиро Ояма создал мощный линкор из местных энергетических кристаллов.
На Дайбаране Хироси встречает Эмеральду, загадочную женщину-пирата, странствующую на огромном судне "Королева". Она спасает его от преследования воинственных афрессианцев, которые ищут её по своим причинам. В ходе своих приключений Хироси постепенно строит свой корабль и вновь сталкивается с Эмеральдой, между ними завязывается особая связь. Однако, что на самом деле их объединяет? Какова тайна Эмеральды и её связь с Тотиро? История наполнена интригами, космическими сражениями и поисками своего места в бескрайнем космосе.