В далеком будущем человечество рассеялось по бескрайним просторам космоса, колонизировав множество планет. Однако их мирное существование было разрушено, когда враждебные существа, известные как виктимы, начали атаковать колонии, оставив в живых лишь одну — Сион. Защиту этой единственной надежды человечества обеспечивают пять гигантских роботов, именуемых «Богинями», обладающих сознанием и глубокой связью с пилотами и механиками.
На космической станции GOA проходит подготовка будущих пилотов, где каждый кандидат должен обладать уникальной группой крови и экстрасенсорными способностями. Среди них — Кандидат №88 по имени Зеро, вчерашний школьник, который только что поступил в тренировочный центр. Ему предстоит не только освоить управление мощными механизмами, но и столкнуться с мрачными тайнами своего прошлого, раскрыть секреты пилотов и их Богинь. В то время как виктимы не прекращают свои попытки уничтожить планету, Зеро должен найти в себе силы, чтобы стать защитником Сиона и разгадать загадки, которые могут изменить судьбу человечества.