В эпоху Холодной войны японские Морские силы самообороны в тесном сотрудничестве с ВМС США в условиях строгой секретности создали уникальную атомную подводную лодку «Sea Bat». Несмотря на то, что официально она числилась в составе 7-го флота США, её экипаж полностью состоял из японских моряков, а капитаном был назначен опытный и надежный офицер Сиро Кайэда. В ходе своего первого рейса капитан объявляет подводную лодку независимым государством под названием «Ямато» и намекает на наличие ядерного оружия на борту. Это заявление вызывает панику и приводит к охоте на Кайэду и его команду. На кону стоят не только судьбы японского правительства, но и репутация Соединенных Штатов. В мире, полном интриг и предательства, «Бесшумный флот» погружает зрителей в захватывающий сюжет о борьбе за власть, тайны и моральные дилеммы, ставя под сомнение границы между долгом и свободой.