События разворачиваются спустя некоторое время после завершения первого сезона. Ёко погружается в подводные исследования у берегов Мадагаскара, в то время как Мадока, утратившая способность активировать «глаз ауры», решает вернуться в Камогаву. Вернувшись домой, она находит письма от Лан и Мугини, в которых они делятся своими новостями и поздравляют её с наступающим Новым Годом. Проходит время, и учебный год подходит к концу. Мадока переходит в следующий класс, а её день рождения уже не за горами. В это время её верные подруги решают посетить копию Камогавы, расположенную в межгалактическом туристическом центре на планете Полигидрон. Эти события становятся началом новой главы в жизни Мадоки, наполненной воспоминаниями, дружбой и новыми открытиями, которые ждут её в будущем.
